Institutional creator:

Instytut Biologii Doświadczalnej im. Marcelego Nenckiego PAN

Contributor:

Wojtaś, Bartosz (1983– ) : Promotor ; Kamińska-Kaczmarek, Bożena (1961– ) : Promotor

Publisher:

Nencki Institute of Experimental Biology PAS

Place of publishing:

Warsaw

Description:

160 stron : ilustracje ; 30 cm ; Bibliografia ; Streszczenie w języku polskim

Degree grantor:

Instytut Biologii Doświadczalnej im. Marcelego Nenckiego PAN

Type of object:

Praca dyplomowa

Abstract:

Glejaki wysokiego stopnia złośliwości (HGGs), najczęstsze i najcięższe pierwotne guzy mózgu u dorosłych, niezmiennie ulegają wznowom z powodu niekompletnej operacji lub oporności na leczenie. Głównym punktem kontrolnym w regulacji ekspresji genów jest inicjacja transkrypcji, która regulowana jest głównie przez klasę białek wiążących DNA, znanych jako czynniki transkrypcyjne (TF). Ekspresja niezbędnych TF wymagana jest przez komórki rakowe do prowadzenia różnych procesów biologicznych w komórkach rakowych, takich jak transformacja komórkowa, onkogeneza i progresja, proliferacja komórek, przerzuty i chemooporność. W HGGs do agresywności choroby przyczynia się kilka powiązanych ze sobą elementów biologicznych, takich jak mutacje somatyczne, deregulacje ścieżek transkrypcyjnych, a także zmiany w modyfikacjach histonów, metylacja DNA oraz przebudowa chromatyny. Profile transkryptomiczne HGGs w momencie wznowy guza nie zostały jeszcze dokładnie zbadane. Ponadto, pomimo znacznych wysiłków, specyficzna regulacja genów ulegających podwyższonej ekspresji w HGGs przez TF pozostaje w dużej mierze nieznana. Lepsze zrozumienie zdarzeń zachodzących w otwartych regionach chromatyny w HGGs ma kluczowe znaczenie dla zrozumienia dróg progresji raka mózgu. Zastosowaliśmy sekwencjonowanie DNA ze wzbogaceniem w sekwencje egzonowe oraz sekwencjonowanie RNA, aby zidentyfikować warianty pojedynczych nukleotydów, małe insercje i delecje, zmiany liczby kopii (CNA), zmiany ekspresji genów i deregulacje szlaków sygnałowych w 16 parach guzów pierwotnych oraz wznów HGGs. Większość mutacji somatycznych wykrytych w pierwotnych HGGs nie została znaleziona we wznowach guzów, co sugeruje substytucję subklonu podczas progresji nowotworu. Odkryto nową insercję przesuwającą ramkę odczytu w genie ZNF384, która może odgrywać rolę w przebudowie macierzy zewnątrzkomórkowej. Stwierdzono, że obecność ogniskowych zmian CNA w genach EGFR i PTEN jest odwrotnie skorelowana. Analiza in silico mikrośrodowiska guza wykazała, że makrofagi o fenotypie M2, podtrzymujące rozwój nowotworu oraz niedojrzałe komórki dendrytyczne są wzbogacone w nawracających HGGs, co wskazuje na znaczącą sygnaturę immunosupresyjną w tych guzach. Barwienie immunohistochemiczne skrawków guza potwierdziło akumulację komórek immunosupresyjnych w nawracających HGG.
; Zidentyfikowaliśmy miejsca wiążące TF specyficzne dla glejaka w tkankach glejaka, a także w ludzkich komórkach glejaka LN18 i LN229, korzystając z danych ATAC-seq i potwierdziliśmy rolę tych TF w kontrolowaniu sieci regulatorowych genów w HGGs. Zbadaliśmy różne zestawy danych, które obejmują profile metylacji DNA, profile acetylacji histonów, zestawy danych RNA-seq dla linii komórkowych glejaków wielopostaciowych oraz dla danych TCGA (The Cancer Genome Atlas). Analizy porównawcze tych profili w glejakach o różnym stopniu złośliwości ujawniły znaczenie czynnika transkrypcyjnego c-Jun dla progresji choroby. c-Jun może odgrywać rolę w regulacji genów ulegających podwyższonej ekspresji w glejaku przez wiązanie się z promotorami genów. Ponadto odkryliśmy, że w większości docelowych genów c-Jun metylacja DNA odgrywa ważną rolę w ich regulacji. Predykcje bioinformatyczne zweryfikowane zostały doświadczalnie, testując wiązanie c-Jun z różnymi sondami w teście opóźnienia ruchliwości elektroforetycznej (EMSA). Białka remodelujące chromatynę SMARCA2 i SMARCA4 są często zmutowane w glejakach o wysokim stopniu złośliwości. Aby określić rolę tych białek, przeprowadziliśmy wyciszenie kodujących je genów w ludzkich komórkach glejaka LN18 i przetestowaliśmy wpływ niedoborów SMARCA2 i SMARCA4 na dostępność chromatyny za pomocą testu dla chromatyny dostępnej dla transpozy z wysokoprzepustowym sekwencjonowaniem (ATAC-seq). Odkryliśmy wzrost otwartości chromatyny w komórkach z niedoborem SMARCA2/4, co wpłynęło na ekspresję genów krytycznych dla transdukcji sygnału, w tym ze szlaku transformującego czynnika wzrostu beta: SMAD1, SMAD3, BMPR1A i TGFBR2, co sugeruje współzależność remodelerów chromatyny i specyficznych szlaków sygnałowych

Detailed Resource Type:

Praca doktorska

Resource Identifier:

oai:rcin.org.pl:234693

Source:

IBD PAN, sygn. 19936 ; click here to follow the link

Language:

eng

Language of abstract:

pol

Digitizing institution:

Instytut Biologii Doświadczalnej im. Marcelego Nenckiego Polskiej Akademii Nauk

Original in:

Biblioteka Instytutu Biologii Doświadczalnej im. Marcelego Nenckiego PAN

Projects co-financed by:

Operational Program Digital Poland, 2014-2020, Measure 2.3: Digital accessibility and usefulness of public sector information; funds from the European Regional Development Fund and national co-financing from the state budget.

Access:

Otwarty